Le coronavirus SRAS-CoV-2 était déjà arrivé à Barcelone en mars 2019, soit dix mois plus tôt que ce que l’on savait auparavant. C’est ce que démontre l’analyse d’un échantillon d’eau obtenu à la station d’épuration du Prat de Llobregat le 12 mars dernier, dans lequel on a trouvé du matériel génétique du virus causant le Covid.
Cette découverte, présentée dans le serveur medRxiv en attente d’examen par la communauté scientifique, est la première détection du coronavirus faite à ce jour dans le monde. Le cas le plus ancien remonte à novembre 2019 en Italie, également dans un échantillon d’eaux usées.
La détection effectuée à Barcelone montre que le virus a circulé pendant des mois sans être détecté avant le début de l’épidémie à Wuhan et s’est depuis propagé au reste du monde. Le virus est à peine apparu à Wuhan, mais “la pandémie a bien commencé à Wuhan”, explique Rosa Pintó, professeur de microbiologie à l’université de Barcelone (UB) et codirectrice de la recherche.
À Barcelone, cette première arrivée du virus au cours de l’hiver 2019 a touché un nombre suffisamment important de personnes pour que les restes du virus soient détectables dans les échantillons de la station d’épuration.
“Nous ne pouvons pas dire combien de personnes il y avait, mais il fallait qu’il y en ait beaucoup”, dit Pintó. Cependant, le virus n’a pas pris le dessus. Dans les échantillons suivants, un par mois entre septembre et décembre 2019, il n’y a pas de trace du virus. Il ne réapparaîtra pas dans le réseau d’égouts de Barcelone avant le 15 janvier 2020.
À partir de cette date, les quantités de virus trouvées dans l’eau qui arrive aux stations d’épuration d’El Prat et du Besòs augmentent progressivement jusqu’au début du mois d’avril. Après cela, ils baissent à nouveau, ce qui coïncide avec l’enfermement de la population et la réduction des cas de Covid. Le 18 mai, le niveau de circulation du coronavirus est déjà si bas qu’il n’est pas détecté dans les stations d’épuration.
Ces résultats montrent que le coronavirus a circulé plus intensément à Barcelone du 15 janvier au 25 février, date à laquelle le premier cas de Covid a été détecté en Catalogne, que du 18 mai à ce jour. Pour les chercheurs, ils sont la preuve que l’analyse des eaux usées est un outil utile pour suivre l’évolution de l’épidémie, car elle permet de détecter une augmentation des infections avant que les cas ne soient identifiés par le système de santé.
“La surveillance sentinelle du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées permettrait de prendre des mesures immédiates en cas de futures vagues de Covid-19”, concluent-ils dans l’article scientifique présenté dans medRxiv . Cette surveillance sentinelle est basée sur le fait que le coronavirus atteint l’appareil digestif, en plus des voies respiratoires, et qu’une partie de ses restes sont excrétés par la voie fécale et atteignent les eaux usées.
Après avoir réalisé que l’infection avait commencé à circuler dans la région métropolitaine de Barcelone 41 jours avant que le premier cas ne soit détecté, et compte tenu du fait qu’elle était soupçonnée d’être apparue bien avant que les premiers cas de Wuhan ne soient signalés, “nous avons décidé d’examiner rétrospectivement si nous avions trouvé le coronavirus dans des échantillons des années précédentes”, explique Albert Bosch, codirecteur de la recherche à l’UB et président de la société espagnole de virologie.
Les chercheurs ont utilisé des échantillons des tests qu’ils effectuent systématiquement pour détecter un autre type de virus dans les eaux usées – en particulier les entérovirus, qui peuvent causer la méningite. Comme ces échantillons sont difficiles à obtenir, ils stockent le matériel inutilisé à 80 degrés sous zéro dans un laboratoire de l’UB.
Pour rechercher le coronavirus, ils ont récupéré neuf échantillons qui s’étendent de janvier 2018 à décembre 2019. Dans chacun d’eux, ils ont effectué des tests PCR dans cinq régions différentes du génome du virus.
Toutes les PCR ont été négatives, sauf le 12 mars 2019, lorsque deux des cinq régions du génome du SRAS-CoV-2 ont été détectées. “Les deux qui ont été testés positifs sont les deux potentiellement les plus stables”, note Rosa Pintó.
Le fait que les trois autres soient négatifs n’invalide pas le résultat car, étant situés à une extrémité du génome, ils auraient pu être dégradés avant de faire la PCR, affirme le chercheur.
Les deux séquences qui ont été testées positives sont spécifiques à ce coronavirus, ajoute Albert Bosch. Ils ne peuvent correspondre à aucun autre virus en circulation actuellement. Ils ont été détectés à l’aide de réactifs mis au point par l’Institut Pasteur de Paris pour identifier précisément le virus Covid.
“Les résultats de ces PCR ne peuvent pas être de faux positifs. Nous sommes absolument convaincus par nos données. Sinon, nous ne les aurions pas soumis”, dit Bosch. “Si le coronavirus est recherché dans des échantillons provenant d’autres parties du monde pendant le premier semestre de 2019, je suis sûr qu’il sera également trouvé.
Ces échantillons pourraient provenir non seulement d’eaux usées provenant d’autres régions, mais aussi des tissus de patients chez qui on a diagnostiqué une pneumonie – ou même une grippe non pneumonique – et où le coronavirus n’a pas été détecté parce qu’on ne savait pas encore qu’il existait.
“Que aparezca el coronavirus en Barcelona en marzo del 2019 cuadra con el Mobile”, observó ayer Robert Güerri, coordinador de Covid en el hospital del Mar de Barcelona, en referencia a que el Mobile World Congress del año pasado se celebró del 25 al 28 de febrero y, si originó algún brote, debió detectarse en aguas residuales unos días más tarde.
Según Albert Bosch, “dado que la mayoría de casos de Covid presentan síntomas parecidos a los de la gripe, es probable que los primeros se confundieran con casos de gripe”.